PHP Lang
  1. PHP Lang
  3. Смит-Уотерман для строки в PHP?
Intereting Posts
Uncaught ReferenceError: FB не определен PHP предупреждение getimagesize несколько таблиц SQL с PHP для создания карты сайта Как объединить значения флажков со значениями текста в php? почему я получаю фатальную ошибку PHP, когда я хочу установить расширение заменить входной файл формы прямой загрузкой файла php вычислять float Самый эффективный способ вызова конечной точки PHP с помощью jQuery Как мне закончить сеанс PHP через 30 минут? php shell_Exec не работает, пока команда работает в оболочке PHP SLIM не принимает точку (.) В аргументе uri MySQL GROUP_CONCAT: форматирование вывода Проект Zend Framework без использования Zend_Application Хранить дубликаты при использовании array_diff Самый быстрый способ заменить последовательность символов в строке

Смит-Уотерман для строки в PHP?

Мне нужен smith-waterman в php, знаете ли вы, что уже есть реализация?

Мне нужен этот алгоритм для поиска прокси ( функция, которая возвращает аффинность между текстами? )

Я постараюсь сделать это, если их нет.

благодаря

Существует этот проект «BioStor», который реализует алгоритм Smith-Waterman в PHP .

Я изменил дизайн Java-кода SimMetrics для SmithWatermanGotoh – я обнаружил, что SmithWatermanGotoh более эффективен, чем SmithWaterman с очень похожими результатами: 

class SmithWatermanGotoh { private $gapValue; private $substitution; /** * Constructs a new Smith Waterman metric. * * @param gapValue * a non-positive gap penalty * @param substitution * a substitution function */ public function __construct($gapValue=-0.5, $substitution=null) { if($gapValue > 0.0) throw new Exception("gapValue must be <= 0"); //if(empty($substitution)) throw new Exception("substitution is required"); if (empty($substitution)) $this->substitution = new SmithWatermanMatchMismatch(1.0, -2.0); else $this->substitution = $substitution; $this->gapValue = $gapValue; } public function compare($a, $b) { if (empty($a) && empty($b)) { return 1.0; } if (empty($a) || empty($b)) { return 0.0; } $maxDistance = min(mb_strlen($a), mb_strlen($b)) * max($this->substitution->max(), $this->gapValue); return $this->smithWatermanGotoh($a, $b) / $maxDistance; } private function smithWatermanGotoh($s, $t) { $v0 = []; $v1 = []; $t_len = mb_strlen($t); $max = $v0[0] = max(0, $this->gapValue, $this->substitution->compare($s, 0, $t, 0)); for ($j = 1; $j < $t_len; $j++) { $v0[$j] = max(0, $v0[$j - 1] + $this->gapValue, $this->substitution->compare($s, 0, $t, $j)); $max = max($max, $v0[$j]); } // Find max for ($i = 1; $i < mb_strlen($s); $i++) { $v1[0] = max(0, $v0[0] + $this->gapValue, $this->substitution->compare($s, $i, $t, 0)); $max = max($max, $v1[0]); for ($j = 1; $j < $t_len; $j++) { $v1[$j] = max(0, $v0[$j] + $this->gapValue, $v1[$j - 1] + $this->gapValue, $v0[$j - 1] + $this->substitution->compare($s, $i, $t, $j)); $max = max($max, $v1[$j]); } for ($j = 0; $j < $t_len; $j++) { $v0[$j] = $v1[$j]; } } return $max; } } class SmithWatermanMatchMismatch { private $matchValue; private $mismatchValue; /** * Constructs a new match-mismatch substitution function. When two * characters are equal a score of <code>matchValue</code> is assigned. In * case of a mismatch a score of <code>mismatchValue</code>. The * <code>matchValue</code> must be strictly greater then * <code>mismatchValue</code> * * @param matchValue * value when characters are equal * @param mismatchValue * value when characters are not equal */ public function __construct($matchValue, $mismatchValue) { if($matchValue <= $mismatchValue) throw new Exception("matchValue must be > matchValue"); $this->matchValue = $matchValue; $this->mismatchValue = $mismatchValue; } public function compare($a, $aIndex, $b, $bIndex) { return ($a[$aIndex] === $b[$bIndex] ? $this->matchValue : $this->mismatchValue); } public function max() { return $this->matchValue; } public function min() { return $this->mismatchValue; } } $str1 = "COELACANTH"; $str2 = "PELICAN"; $o = new SmithWatermanGotoh(); echo $o->compare($str1, $str2);