У меня возникла проблема с расширением имен PHP 5.3 и комментариями Doxygen.
Пример:
/** * Sample Method * * @param string $output * @return \Project\Lib\Rest */ 
Doxygen дает мне следующие предупреждения:
 warning: Found unknown command `\Project' warning: Found unknown command `\Lib' warning: Found unknown command `\Rest' 
Что я могу сделать, чтобы исправить это или отключить \ команды и использовать только команды @commands
Попробуйте ускользнуть от обратной косой черты, т.е. используйте
 /** * Sample Method * * @param string $output * @return \\Project\\Lib\\Rest */ 
  \\ на самом деле является командой doxygen, которая просто печатает обратную косую черту. 
См. Также Документирование PHP с Doxygen: за и против :
 /** * Sample Method * * @param string $output * @return Project::Lib::Rest */