Каталог / tmp недоступен из PHP-FPM, работающего как служба Systemd.
Действия по воспроизведению:
<?php print_r(shell_exec('ls /tmp')); ?>
Это поведение по умолчанию, установленное сторонними разработчиками пакетов. Это потому, что в /usr/lib/systemd/system/php-fpm.service есть PrivateTmp = true.
Если вы хотите изменить его, вы можете создать /etc/systemd/system/php-fpm.service.d/private-tmp.conf с содержимым:
[Сервис] PrivateTmp = false