Хотя запись файла excel в порядке, я вижу, что действительно большие числа – это формулы в excel
Пример: 8.71129E + 12
вместо: 1234567890
Как изменить формат во время создания PHP Excel?
Я следую простому примеру здесь
$objPHPExcel->getActiveSheet()->setCellValueExplicit('A1', '1234567890', PHPExcel_Cell_DataType::TYPE_STRING);
Либо установите значение явно как строку, либо установите маску формата номера для ячейки, которая заставляет отображать все цифры (например, '#, ## 0' 0r '0'), а не формат по умолчанию.