Я помещал это в файл php.ini:
disable_functions="popen,exec,system,passthru,proc_open,shell_exec,show_source,phpinfo"
Но я все еще могу назвать их (проверенные exec и shell_exec. Я перезапустил веб-сервер несколько раз.
(под окнами).
Попробуйте удалить двойные кавычки:
disable_functions=popen,exec,system,passthru,proc_open,shell_exec,show_source,phpinfo