Веб-приложение Codeigniter не работает с Linux, но здесь, на окнах, прекрасно

Как указано в комментарии @Orangepill, это может быть либо файловая система с файловым учетом, либо по своему собственному опыту, она была связана с .htaccess разному:

 RewriteEngine on RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt) RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L] 

Иногда это терпит неудачу в Linux, поскольку это требует ? знак после index.php чтобы вы могли попробовать:

 RewriteRule ^(.*)$ /index.php?/$1 [L] 

добавить .htaccess файл и проверить контроллер и модели имя первого письма требуется капитала (в Linux)

.htaccess

  RewriteEngine On RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]