Я искал везде что-то, что могло бы манипулировать анимированными файлами gif, на стороне сервера, желательно с помощью php, но простые инструменты командной строки, которые могли бы быть выполнены с помощью exec (), также будут. По сути, я смотрю на водяные знаки анимированных gif-файлов, а также способен отбирать фреймы из анимаций (каждый второй, 3-й кадр должен быть удален, например).
Что-нибудь вроде этого?
http://www.php.net/manual/en/book.imagick.php
См. Пример анимированного GIF здесь: http://valokuva.org/?p=46